在这次口袋妖怪红宝石中，除了有新的神奇宝贝登场之外，另外两个版本中登场的神秘组织敌人也都不一样。虽然在两个版本中准备有同样内容的剧情故事，但各场景的角色、对白都可以各自替换。而且游戏一开始时玩家还可以自由选择主角的性别，依玩家性别不同，另一个性别主角也会以游戏中帮助主角的博士小孩身份登场，并向主角进行口袋妖怪的挑战。玩家必须打败他才能拿到会自动记录游戏资料的妖怪图鉴与捕捉妖怪的捕捉球。
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